В разговоре с Kotaku, Хидео Кодзима рассказал, что действие Metal Gear Solid 5 будут развиваться после событий MGS 3: Snake Eater, но до Metal Gear Solid, в связи с чем, игра включает некоторые детали, которые не самым идеальным образом стыкуются с другими тайтлами. Вот что значит создание запутанных временных линий где развитие не линейно.

"Я практически уверен, что у ребят снявших Star Wars были те же проблемы. Когда ты пытаешься написать что-то, что было в середине уже имея начало и конец, возможны некоторые несоответствия в деталях."

"Самое главное в этом деле – создание чего-то увлекающего, чего-то впечатляющего, чего-то, что лучше чем было раньше. И иногда в попытке достичь этого, создать лучшие ощущения, мы жертвуем целостностью и допускаем несоответствия в истории. Я надеюсь, что игроки поймут это, но мы ставим задачу написать лучший сценарий."